Apotekarska ustanova Niš ima dugogodišnju tradiciju poslovanja. Osnovana je 31.03.1947. godine kao Gradsko apotekarsko preduzeće. Udružene apoteke Niš nastale su integracijom samostalnih apoteka u jedinstvenu zdravstvenu ustanovu Ćele Kula 11. jula 1962. godine, a 1998. godine menjaju naziv u Apotekarska ustanova Niš. Nakon preuzimanja osnivačkih prava nad zdravstvenim ustanovama, Skupština grada Niša je 2007. godine donela odluku o novom imenu ustanove - Apoteka Niš. U skladu sa Zakonom o zdravstvenoj zaštiti (Sl. gl. RS  br.25/2019),  Rešenjem Privrednog suda u Nišu broj 54/2020 od dana 14.05.2020. godine, izvršena je promena naziva ustanove Apoteka Niš u sadašnji naziv Apotekarska ustanova Niš.

Danas Apotekarska ustanova Niš, u skladu sa Uredbom o planu mreže zdravstvenih ustanova Republike Srbije, obavlјa farmaceutsku delatnost na primarnom nivou na teritoriji Nišavskog upravnog okruga. Naš cilј je podjednaka dostupnost i unapređenje farmaceutske zdravstvne zaštite, i u gradskoj, i u seoskoj sredini. Briga o korisnicima usluga je uvek u fokusu i ostvaruje se pružanjem informacija o lekovima, medicinskim sredstvima i drugim proizvodima bitnim za zdravlјe lјudi, indikacijama za upotrebu, interakcijama između lekova i lekova sa hranom, neželјenim dejstvima i pravilnom upotrebom lekova, kao i pravilnim korišćenjem medicinsko-tehničkih pomagala.

Apotekarska ustanova Niš, ima viziju da postane lider u apotekarskom sektoru Srbije kao stabilna, uspešna, savremena, sigurna i inovativna ustanova koja ispunjava zahteve svih zainteresovanih strana u pružanju vrhunske farmaceutske zdravstvene zaštite. To se pre svega ogleda kroz težnju za povećanjem zadovolјstva korisnika pruženom farmaceutskom zdravstvenom uslugom i farmaceutskim preparatima Apotekarske ustanove Niš, održavanjem kontinuiteta u snabdevanju lekovima, medicinskim sredstvima i drugim proizvodima bitnim za zdravlјe lјudi.

Apotekarska ustanova Niš je prošla dug razvojni put na kome je imala, i ima, puno izazova, ali i prilika  u korist korisnika usluga, i postala „TVRĐAVA VAŠEG ZDRAVLJA“.